Cerita dimulai ketika tokoh utama Yoshimori Sumimura yang berumur 9 tahun yang biasa saja. Tetapi dia sebenarnya pewaris generasi ke-22 dari para Kekkaishi. Kekkaishi adalah orang-orang yang bisa menciptakan kekkai atau pelindung berbentuk persegi, dan mengurung serta menghancurkan siluman yang terperangkap di dalamnya. Setiap malam, Yoshimori mencari dan membinasakan siluman ditemani anjing hantu bernama Madarao.
Selain keluarga Sumimura, adapula keluarga Yukimura yang juga kekkaishi. Hubungan mereka kurang begitu baik. Dahulu, kekkaishi digunakan untuk melindungi tuan tanah bernama Karasumori. Karena suatu hal, mereka akhirnya dihabisi oleh para siluman yang datang ke tanah milik mereka. Siluman-siluman itu tertarik dengan kekuatan spiritual yang dipancarkan tanah tersebut sehingga mereka mendatangi tanah itu untuk menjadi lebih kuat
Dari keluarga Yukimura pewarisnya adalah Tokine Yukimura. Dia juga ditemani seekor anjing hantu bernama Hakubi yang genit. Kedua orang ini selalu melakukan tugasnya dengan baik. Suatu ketika Yoshimori lengah dan kewalahan melawan seekor siluman bercakar besar dan hampir tewas. Beruntung Tokine datang, tetapi tangannya terluka dan dia sekarat. Sampai sekarang bekas lukanya masih membekas. Sejak saat itu, Yoshimori bertekad untuk menjadi kekkaishi yang hebat agar Tokine tidak terluka lagi.
Semakin lama, masalah semakin rumit, ketika terungkap apa karasumori itu sebenarnya. Belum lagi masalah kurang tidur yang dialami Yoshimori, masalah asmara dengan Tokine dan sebagainya.
Akhirnya Yoshimori bertemu dengan teman yang juga suruhan kakaknya Masamori. Dia bernama Gen Shisiho. Saat pertama kali bertemu Gen dan Yoshimori seringkali bertengkar. Tapi setelah berapa lama akhirnya merekapun dapat berkarja sama. Dan meraka pun harus menghadapi organisasi ayakashi bernama Kokubourou. Setelah itu mereka menghadadapi ayakashi-ayakashi hebat dari sana. Akhirnya mereka berhasil melindungi Karasumori dengan mengorbankan nyawa Gen Shishio.
Setelah kematian Gen markas Yagyo pindah ke kediaman Sumimura. Yoshimori berjanji kepada teman Gen yang bernama Sen Kagemiya akan membalaskan dendam Gen. saat melawan Kokubourou, Yoshimori menyerahkan diri kepada Shion yang menyamar menjadi Kaguro. Saat Byaku akan memasukkan serangganya kepada Yoshimori, Yoshimori mengeluarkan Zekkai. Saat itu Yoshimori ditolong oleh Matsudo Heisuke teman kakek Shige yang telah meninggal.
Akhirnya Matsudo melawan Byaku. Byaku kalah. Lalu Yoshimori menyelamatkan Sen yang disekap Kokubourou. Tokine yang melawan Koshu menang dengan mudah. Tiba saatnya Yoshimori melawan Kaguro. Yoshimori yang kewalahan, menang saat Sen nyaris terkena tebasan Kaguro dengan menciptakan Kekkai yang memiliki kekuatan seperti Zekkai. Sen yang terkurung di dalamnya tak bisa apa-apa. Masamori menggunakan Zekkai untuk menembus Kekkai Yoshimori. Masamori kewalahan, bahkan Tokine pun turun tangan dengan jurus yang diajarkan nenek Toki. Akhirnya Tokine dapat menembus Kekkai Yoshimori dan Masamori dapat menembusnya. Kokubourou pun runtuh.
Setelah itu pun Yoshimori meminta maaf. Akhirnya markas Yagyo pun kembali ke tempatnya,hari-hari kembali seperti biasanya. Karasumori pun tetap dilindungi Yoshimori dan Tokine
Karakter
- Yoshimori Sumimura
- Yoshimori adalah calon penerus kekkaishi generasi ke-22 dari keluarga Sumimura. Dia sering dimarahi kakeknya karena tidak niat dalam menjadi kekkaishi. Akhirnya dia serius menjadi kekkaishi karena insiden yang terjadi kepada Tokine. Dia selalu bermalas-malasan dan sering tidur di kelas ketika jam pelajaran karena kekurangan tidur akibat semalaman berpatroli di sekitar sekolah. Kekkai miliknya tidak seberapa akurat, tapi daya hancur dan ketahanannya sangat luar biasa. Dia juga bisa membuat kekkai dalam jumlah besar sekaligus karena energinya yang besar. Kakeknya melihat dia penuh potensi dan bakat
- Tokine Yukimura
- Tokine adalah tetangga Yoshimori dan juga seorang calon pewaris kekkaishi dari keluarga Yukimura. Dia dua tahun lebih tua dari Yoshimori. Dialah motivasi bagi Yoshimori untuk menjadi lebih kuat. Dalam hatinya, sebenarnya dia tidak mau kalah dari Yoshimori. Sering kali merasa cemas melihat Yoshimori beraksi. Kekkainya sangat akurat. Dia bahkan bisa membuat kekkai berlapis yang membutuhkan konsentrasi yang besar. Kekuatan kekkainya tidak sekuat dan sekeras Yoshimori. Jika kekuatan kekkai miliknya dan Yoshimori digabung, maka kekkai yang dihasilkan menjadi lentur, akurat sekaligus kokoh
- Madarao
- Madarao adalah anjing hantu milik keluarga Sumimura yang hidup 500 tahun yang lalu. Dulu dia adalah seekor anjing gunung bernama Ginro yang selalu bersama temannya Kouya yang menjadi Ayakashi. Namun, sejak gunung tempat tinggalnya dijadikan pemukiman penduduk, ia mati karena kelaparan. Kagum pada Karasumori.
- Hakubi
- Hakubi adalah anjing hantu milik keluarga Yukimura yang genit. Dia seringkali mengolok-olok Yoshimori dan Madarao. Dia lebih muda 100 tahun dari Madarao.
- Toshimori Sumimura
- adalah adik Yoshimori pewaris generasi ke-23, tapi kekuatannya tidak sebesar Yoshimori. Sangat pandai. Bisa membaca tulisan-tulisan cara menggunakan kekkai. Menganggap Yoshimori kakak yang hebat.
- Masamori Sumimura
- adalah kakak Yoshimori sekakigus ketua yagyo. Walaupun bukan pewaris yang sah namun kekuatannya besar.
- Shuuji Sumimura: adalah ayah Masamori, Yoshimori, dan Toshimori. Tidak bisa merasakan keberadaan ayakashi. Sangat menyayangi dan memanjakan anak-anaknya.
- Shigemori Sumimura
- adalah kakek dari Yoshimori. Kelihatannya dia memiliki masalah dengan Masamori. ia selalu bertengkar dengan nenek Toki.
- Tokiko Yukimura
- dia adalah nenek dari Tokine yang pemarah. Dia selalu bertengkar dengan kakek Shige. Kalau ada masalah dia selalu menyalahkan keluarga Sumimura.
- Gen Shishio
- adalah anak buah dari Masamori, dia merupakan salah satu petarung andalan dari Yagyo, maka dari itu Masamori memintanya untuk membantu para kekkaishi menjaga karasumori. Dia adalah setengah ayakashi dan tidak dapat mempercayai siapapun. Lalu dia disadarkan oleh Yoshimori. Dia lepas kendali saat berubah sepenuhnya dan hampir membunuh kakaknya sendiri. Dia dibunuh oleh ayakashi kelas atas dari Kokubourou yaitu Kaguro
Kokubourou
- Hime
- Sebutan untuk rubah iblis Kurosusuki, yang merupakan Dewa Tanah dari kokubourou sendiri. Seiring dengan berjalannya waktu tubuh dari Hime semakin melemah, karena itulah para bawahannya mencari pengganti sumber kekuatan dari Hime tersebut. Memiliki pembantu sekaligus wakil dari kokubourou yaitu Byaku.
- Byaku
- Merupakan wakil kokubourou dan menjadi pembantu Hime setelah dikalahkan Hime. Byaku memiliki kekuatan yang memungkinkannya mengendalikan baik kawan ataupun lawan. Dulunya dia adalah manusia.
- Kaguro
- dia adalah ayakasi kelas atas dari kokubourou. Sama seperti Byaku, dulunya dia manusia. Dia adalah ayakashi yang membunuh Gen.
- Aihi
- dia adalah profesor di kokuborou. Dia sangat ingin meneliti manusia.
- Shion
- ayakashi kelas atas kokubourou. Memiliki kekuatan yang dapat mengubah musuhnya menjadi sekutunya.(sama saat akhir kisah dia membuat Hekian menjadi sekutunya.)
- Hekian
- Salah satu petarung terlemah di Kokuboro.Di tugaskan untuk mengumpulkan data
- Gagin
- Pemimpin Eksekutif di Kokuboro.Ayakashi tipe Api.Ia dibunuh oleh Masamori di Manga,Yoshimori di Anime
- Sakon
- Wakil Eksekutif Kokuboro.Ayakashi tipe angin.Ia dibunuh Masamori di Anime
- Koshu
- sama seperti Byaku, dia pembantu Hime.Ia dibunuh oleh Tokine di Anime,Namun dibunuh Yoshimori di Manga
- Haroku
- Salah satu pembunuh di Kokuboro.Ia dibunuh oleh Yoshimori
- Sekia
- Salah satu pembunuh di Kokuboro.Ia dibunuh oleh Kaguro
- Haizen
- Salah satu pembunuh di Kokuboro.Ia dibunuh oleh Tokine
- Sanan
- Salah satu pembunuh di Kokuboro.Ia dibunuh oleh Kaguro
Yagyo
- Athora Hanashima
- dia adalah pembimbing Gen pada yagyo. dia disebut penakluk monster dan kata beberapa anggota yagyo lain dialah yang monster. saat kematian Gen dia menagis paling histeris.
- Kyoichi Hiba
- dia pengawas Gen saat di Karasumori.
- Yomi Kusaga
- dia adalah seorang pengendali raksasa. dia igin mengambil karasumori agar raksasanya yang bernama Yoki bertambah kuat.
- Mukade
- dia dapat membuat monster berwarna hitam bari mulutnya.
- Hakudo
- dia dapat mengeluarkan sejenis sinar berbentuk sabit.
- Odo
- memiliki kekuatan bola api.
- Miki Hatori
- wakil yagyo dan menjadi orang kepercayaan Masamori.
- Sen Kagemiya
- dia adalah teman Gen. dia diculik oleh Shion bersama Yoshimori yang menyerahkan diri. dia juga setengah ayakashi.
- Shu Akitshu
- teman Sen yang dapat mengeluarkan sayap.dia adala setengah ayakashi.
- Dai Yaegashi
- teman Sen yang dapat membuat ilusi dirinya.
- Misao
- Higurashi
Sekolah Karasumori
- Yurina Kanda
- teman sekelas Yoshimori yang dapat melihat hal-hal gaib (roh) dan sering berkonsultasi dengn Yoshimori. Namun teman-temannya mengira dia menyukai Yoshimori.
- Hiromu Tabata
- teman sekelas Yoshimori yang senang mencari informasi seputar para siswa dan guru-guru. Menjuluki dirinya Bank Data.
- Tomonori Ichigaya
- teman Yoshimori yang berkacamata.
- Kyoko
- teman Yurina.
- Ayano
- teman Yurina.
- Madoka
- teman sekelas Tokine.
- Tatsumi Mino
- guru bahasa Inggris yaqng memiliki 3 roh ular bernama Joshepine,Roxanne,Simone.
- Kirara Kawakami
- teman Tokine yang muncul hanya dalam anime.
- Mao Shinahara
- teman sekelas Tokine yang iri terhadap kepintaran Tokine. Dia hanya muncul di anime.
- Julia Roppongi
- dia adalah siswa SMA kelas 1D yang memiliki daya ketertarikkan yang singkat kepada Yoshimori
Ayakashi dan Roh
- Tuan Uro
- dewa yang sangat menyukai donat. saat rumahnya rusak Yoshimori memperbakinya.
- Mamezo
- pembantu Tuan Uro yang suka mengatur ngatur.
- Kouya
- teman lama Madarao. madarao hampir kalah darinya. lalu dia menang dengan bantuan Yoshimori.
- Hanataro,Uhosuke,Nagao
- mereka adalah anak buah Kouya.
- Masahiko Tsukijigaoka
- hantu patisier yang membantu Yoshimori membuat kue
Lain-Lain
- Hazama Tokimori
- pencipta teknik kekai.
- Matsudo Heisuke
- teman dari Kakek Shige.memiliki ayakashi peliharaan bernama kagami yang dulunya adalah istri Shiranuma.(Byaku)
- Kagami
- peliharaan matsudo.dia berhasil mengalahkan Byaku tetapi tidak membunuhnya.
- Risa Kagami
- istri dari Byaku. dia mati karena ingin mendapat kecantikan abadi saat percobaan Byaku
Urakai
- Mudou
- mantan kursi ke-7.
- Ichirou Ougi
- anggota kursi ke-8.
- Okuni
- anggota kursi ke-9
Teknik Kekkai
- Hoi
- mengangkat dan menahan target di tempat
- Jouso
- menentukan tempat menciptakan Kekkai.
- Ketsu
- menciptakan Kekkai.
- Metsu
- memusnahkan benda di dalam Kekkai.
- Tenketsu
- membawa ayakashi ke dimenshi lain untuk mencegahnya mengalami regenerasi.
- Nenshi
- sebuah benang yang dapat mengikat roh.
- Sekkai
- untuk melepaskan Kekkai asing.
- Kai
- untuk melepaskan Kekkai.
- Zekkai
- kekuatan terbesar dari teknik Kekkai.
- Shikigami
- boneka yang terbuat dari kertas milik Kekkaishi. Kokubourou pernah menggunakanya.
